2012年10月27日土曜日

MendeleyでJournal名を省略形にしたcitation styleを作成する方法

Mendeleyで論文を作成する場合に投稿するJournalのCitation Styleがないことがあります。新しくCitation Styleを作るのはそれほど難しくはないのですが、Journalの証略形を使用するよう求められることがあります。

まさしく今回投稿したJournalから下記のような連絡が…


We would like to add the comments from Editors as follows:

In References, journal titles should be abbreviated according to “ Index Medicus”.
For example, American heart journal in Reference 5 should be abbreviated Am Heart J.

Please check whether journal title are correctly abbreviated when you submit the revised manuscript.

これは調べてみますとMendeleyの有名な弱点のようです。googleでsearchするともっともよい解説は

http://support.mendeley.com/customer/portal/questions/179297-how-to-enable-journal-abbreviations-

にありました。

1. Mendeleyのuser data folderにjournalAbbreviationsというフォルダを作成する。
2. default.txtを作成する。
3. ジャーナルの正式な名前をいれてタブで区切り証略形を入力する。
4. cslファイルのcontainer titleがshortになるようにする。

というステップを踏めばMendeleyを用いてjournalの証略形を使用することができます。

問題はdefault.txtの作成ということになるのですが http://pastebin.com/raw.php?i=tVrUas82 などからダウンロードすることもできます。ファイルで注意するのはcase-sensitive、大文字、小文字を正確に入力する必要があるということです。

Journalの証略形についてはIndex Medicusで調べるともできます。

追記:
http://support.mendeley.com/customer/portal/questions/179297-how-to-enable-journal-abbreviations-?new=179297
にあるmauricio arenasの書込みからhttps://skydrive.live.com/?cid=46047e8752dc6af3&sc=documents&uc=1&id=46047E8752DC6AF3!105#で一括してjournalの省略形のリストをダウンロードすることもできます。



下記はHeart and VesselsのCitationファイルになります。テキストファイルにcopy & pasteで作成、ファイル名を付けて保存して使用してください。これに上にあげたdefault.txtを使用するとMendeleyで省略形のJournal titleを使用できるようになります。

追記2:
引用文献がアルファベット順に並ぶため


    <sort>
      <key macro="author-short"/>
      <key macro="year"/>
    </sort>


を一部修正、削除しております。



<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<style xmlns="http://purl.org/net/xbiblio/csl" class="in-text" default-locale="en-US" version="1.0" demote-non-dropping-particle="sort-only">
  <!-- This style was edited with the Visual CSL Editor (http://steveridout.com/csl/visualEditor/) -->
  <info>
    <title>Heart and Vessels</title>
    <author>
      <name>Naritatsu Saito</name>
    </author>
    <category citation-format="numeric"/>
    <category field="medicine"/>
    <issn>0001-6268</issn>
    <eissn>0942-0940</eissn>
    <summary>Springer Vancouver style - alphabetical</summary>
    <updated>2012-09-28T02:06:38+00:00</updated>
    <rights license="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 License</rights>
  </info>
  <locale xml:lang="en">
    <terms>
      <term name="et-al">et al</term>
    </terms>
  </locale>
  <macro name="author-short">
    <names variable="author">
      <name form="short" and="text"/>
      <substitute>
        <names variable="editor"/>
        <names variable="translator"/>
      </substitute>
    </names>
  </macro>
  <macro name="author">
    <names variable="author">
      <name sort-separator=" " initialize-with="" name-as-sort-order="all" delimiter=", " delimiter-precedes-last="always"/>
      <label form="short" strip-periods="true" prefix=" (" suffix=")"/>
      <substitute>
        <names variable="editor"/>
        <names variable="translator"/>
      </substitute>
    </names>
  </macro>
  <macro name="editor">
    <text term="in" text-case="capitalize-first" suffix=": "/>
    <names variable="editor">
      <name sort-separator=" " initialize-with="" name-as-sort-order="all" delimiter=", " delimiter-precedes-last="always"/>
      <label form="short" strip-periods="true" prefix=" (" suffix=")"/>
    </names>
  </macro>
  <macro name="edition">
    <choose>
      <if is-numeric="edition">
        <group delimiter=" ">
          <number variable="edition" form="ordinal"/>
          <text term="edition" form="short" strip-periods="true"/>
        </group>
      </if>
      <else>
        <text variable="edition"/>
      </else>
    </choose>
  </macro>
  <macro name="year">
    <date variable="issued">
      <date-part name="year"/>
    </date>
  </macro>
  <macro name="title">
    <choose>
      <if type="book">
        <group delimiter=", " suffix=". ">
          <text variable="title"/>
          <text macro="edition"/>
        </group>
      </if>
      <else>
        <text variable="title" suffix=". "/>
      </else>
    </choose>
  </macro>
  <macro name="year-parenth">
    <date prefix="(" suffix=")" variable="issued">
      <date-part name="year"/>
    </date>
  </macro>
  <citation collapse="citation-number">
    <layout prefix="[" suffix="]" delimiter=", ">
      <text variable="citation-number"/>
    </layout>
  </citation>
  <bibliography et-al-min="11" et-al-use-first="3" second-field-align="flush">
    <layout>
      <text variable="citation-number" suffix=". "/>
      <group delimiter=" ">
        <text macro="author"/>
        <text macro="year-parenth"/>
        <text macro="title"/>
      </group>
      <choose>
        <if variable="page">
          <choose>
            <if type="chapter paper-conference" match="any">
              <text macro="editor"/>
              <group prefix=" " delimiter=", " suffix=". ">
                <text variable="container-title" form="short"/>
                <text macro="edition"/>
              </group>
              <text variable="publisher" suffix=", "/>
              <text variable="publisher-place" suffix=", "/>
              <group delimiter=" ">
                <label variable="page" form="short" strip-periods="true"/>
                <text variable="page"/>
              </group>
            </if>
            <else>
              <group>
                <text variable="container-title" suffix=" " form="short" strip-periods="true"/>
                <group suffix=":">
                  <text variable="volume"/>
                </group>
                <text variable="page"/>
              </group>
            </else>
          </choose>
        </if>
        <else-if variable="DOI">
          <group delimiter=". ">
            <text variable="container-title" form="short" strip-periods="true"/>
            <text prefix="doi: " variable="DOI"/>
          </group>
        </else-if>
        <else-if type="bill book graphic legal_case legislation motion_picture report song" match="any">
          <group delimiter=", ">
            <text variable="publisher"/>
            <text variable="publisher-place"/>
          </group>
        </else-if>
        <else-if type="webpage">
          <group delimiter="">
            <text prefix="In: " variable="container-title" suffix=". " form="short"/>
            <text variable="URL" suffix=". "/>
            <date variable="accessed">
              <date-part prefix="Accessed " name="day" suffix=" "/>
              <date-part name="month" form="short" suffix=" " strip-periods="true"/>
              <date-part name="year"/>
            </date>
          </group>
        </else-if>
        <else-if type="thesis">
          <group delimiter=", ">
            <text variable="genre"/>
            <text variable="publisher"/>
          </group>
        </else-if>
        <else>
          <group delimiter="">
            <text variable="container-title" form="short" suffix=" "/>
            <text variable="volume" suffix=":"/>
            <text variable="page" suffix="."/>
          </group>
        </else>
      </choose>
    </layout>
  </bibliography>
</style>

2012年7月26日木曜日

第152回ku-librarians勉強会:Mendeleyワークショップ

8月3日のMendeley Workshopで発表します。

Mendeley Adviserになって初めての活動です。




頑張ろう->俺


2012年7月12日木曜日

Thinkpad X220iレビュー



Thinkpad Edge13を使用していたのですが最近バッテリーが2-3分しか持たなくなり、購入して2年ということもあり買い替えを検討していました。

そんな際にたまたま見つけたのがThinkpad X220i、現在はX230が出ているので一世代前ということになります。Joshin webで\59800にクーポン割がついて\3000割引きの\56800、Office Personal+Wimax付ということで割安感が強く購入いたしました。
http://joshinweb.jp/pc/21231/4560209897277.html

届いて少し使用するとやはり遅い、Turion NeoのEdge13でSSD換装したものの方が体感としては速い印象です。やはりPCの体感速度にはSSDが重要という印象で、SSDに換装いたしました。X220のほうがEdge13よりもずっとメジャーですのでwebで検索すると容易にいくつも見つけることができます。
http://x220.cloud-line.com/ssd/
http://www.the-hikaku.com/pc/lenovo/ThinkPad-X220-4.html
http://tinatsutan.cocolog-nifty.com/blog/2011/06/thinkpad-x220ss.html

それほど難しくなく30分程度で換装、CrystalMark 2004R3でベンチマーク計測いたしました。
まあこんなものでしょうか。総合スコアではEdge13よりはずっと早くデスクトップのH330(Corei5)よりは遅いという当たり前の結果でした。

重さはEdge13とほぼ同じですが、作りはX220のほうがかっちりとしている印象でした。

追記:妻に見せると"えっこれ新しいやつ?20年前のデザインみたい。"と言われてしまいました。確かにThinkpadはあまりデザイン変わらないですね・・・




2012年3月29日木曜日

PDF exportがうまくいかないときの対処方法-特に日本語文献


Mendeleyに取り込んだPDFファイルを再度PDFに戻したいときがあるかと思います。File→Export PDF with annotationというコマンドがあるのですが、これがうまくいかないときがあります。例えばファイルそのものがExportされない、ExportされたPDFファイルが文字化けしてします、etc。

この辺りはsupportでもよく問合せがあるようです。
http://support.mendeley.com/customer/portal/articles/search?q=PDF+export

サポートの返事としては
"We are aware of this issue, and believe that it occurs in some if not all papers when the paper title that you are trying to save contains a non-Latin character or an accented character. Could you please try to save it with an example name like test when you get to this point, and see if you are able to export the PDF with annotations? Thanks in advance."


なんですがこれですと日本語文献はほとんど無理、ということになります。


注釈なしでとりあえずPDFのみexportしたいという場合は実は簡単です。Mendeleyの右下のほうにある(上図赤枠で囲った部分)で右クリックしてopen file externallyでファイルを開くとadobe readerなどで開くのでそれを名前を付けて保存、でもともともPDFを抽出することができます。


最近まで気がつかなかったのですがMendeleyはPDFを全てそのまま保存しているのですね。 同様に右クリックでopen containing folderでどこにPDFがあるかもわかります。


Mendeleyのサポートを見ると質問、問合せに対しては24時間以内にMendeleyのサポートから返事がついていることがわかります。Freeの会員が多いと思うのですが、そのような人件費はどうなっているのか気になります。ResearcherのSNSを目指す、というのがMendeleyのコンセプトかと思いますがFacebookのような広告モデルでもないですし。
http://support.mendeley.com/




2011年11月27日日曜日

iPhone 4S


iPhone 4Sを購入しました。

自分の生活スタイル(職場、自宅の自転車通勤、いずれもWifi環境、Wilcomとの2台持ち)では使用する機会は少ないのですが、もともと持っているiPod touch(なんと初代)が壊れたこと、カメラが比較的良いという噂などを聞き購入いたしました。

当初はauのものを考えていたのですが、わずかに高いこと、機能の制限があること、海外で使用できないこと、などを考えるとソフトバンクのほうにしました。長く使うつもりで64G、折角なので白を選択。

で1週間ほど使ってみた感想です。

・電波の入りは良い。いまのところ日常生活で圏外になることはない。電波はWilcomより明らかに良いです。Wilcomといえばエレベーターに乗ると、自宅の玄関で、トイレの個室で、と圏外連発でしたがいまのところソフトバンクiPhoneでは日常生活で圏外はありません。

・意外と通信速度は速い。自宅、職場などでXtreme Speedtestを使って測定するとダウンロードで大体1-2Mbpsの間は出ています。これくらいあるとそれほどストレスはありません。

・カメラはまあまあ。携帯電話にしては良いのでしょうが持っているコンデジ(Canon Powershot A2200)と比べると1-2段階落ちる感じです。ただこの違いはPCの画面で見た場合でiPhoneで見ている分には気になりません。Wilcomのカメラと比べれば格段に良いです。このレベルのカメラであれば普段使えるように思います。

・画面が小さい。もうね、頭が痛くなります。特にMendeleyなんかで論文を読むのは無理ですね。iPhoneが悪いわけではなく今の論文がpdf、紙ベースで読まれることを前提に段組みされていますのでしょうがないです。これはむしろ論文がWebベースに合わせるべきです。いま紙で論文読むよりPCで読んでる人のほうが多いですし、これからはiPhone、アンドロイドなどスマートフォンで読みたいというニーズも多いと思います。出版社側でpdf、web2つの形式で発行してもいいんじゃないでしょうか。そんなに手間でもないように思います。

・Siri面白い。実用的ではないですがここまで音声認識が進歩していることに驚きます。英語の発音チェックなどにも使えそうです。私のthの発音はかなり怪しいことがわかりました。実用化はまだまだですがこれから急速に進歩しそうな印象を持ちました。

・電池もちは良い。少なくとも放置している間にどんどん減っていくことはありません。普通2-3時間の使用であれば1日は持ちそうです。

・少し重い。Wilcomとの2台持ちは冬はよくても夏、薄着になるとズボンのポケットに2台はしんどそうです。iPhoneのケースになるようなWilcomの機種開発すれば売れると思いますがどうでしょう。

自分的にはかなり満足です。いろいろ使い込んでいきたいと思います。

2011年10月23日日曜日

CrystalMark 2004R3でのベンチマーク


Thinkpad Edge 13'もメモリも増やしたことだし、SSDに換装したし、ということでベンチマーク施行。
HDDは速いがうーん、他はいまいち。体感速度は速いんですけどね。

デスクトップのH330 (Core i5、4G Memory)では下の通り。




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2011年10月16日日曜日

Thinkpad Edge 13でのSSD換装

1年半前に購入したThinkpadですがもっさり感が目立つようになり、最近SSDも値段がこなれてきたためHDDをSSDに換装しました。換装前のベンチマークでは下の通り。


Intel製のものであれば乗り換えソフトが利用できるのでIntel SSD 120Gを選択、近所のヨドバシカメラで\22000でした。





ついでにメモリも増設することとしました。Thinkpad Edge 13はSODIMM DDR2、メモリーは2枚までなんですが購入時に何枚ささっているかわからないのでCPU-Zでチェック、Channelがsingleですので1枚のようです。


メモリは安いのでも良いだろうと考えamazonで購入、\1980でした。


でHDDケースは玄箱を選択。HDDケースはSATA接続とIDE接続の2規格あるので要注意です。

これで用意が整いました。

まずはHDDケース内へ購入したSSDを入れます。差し込むだけなので簡単。
この状態でThinkpadに接続するとランプ点灯、

Intel Data Migration Software を使用してHDD内容をそのままSSDにコピーします。この工程が1時間程度かかりますのでゆっくりと待ちます。

コピーできたらこれで準備OK,ついで実際の換装です。マニュアルはhttp://download.lenovo.com/jp/mobiles_pdf/63Y0744_J.pdfにありますのでそれをみながら行います。

バッテリーを外し、ネジ5本外すとHDDとメモリーがすぐに見えます。Thinkpadは簡単です。

で購入したメモリとHDDをSSDに換装し終了、この入れ替えは10分程度で終了しました。

Windows起動するとやはり速いです。Windowsの起動のみならずOfficeの立ち上げ、Webの閲覧、全てで倍速~3倍速くらいの体感速度です。プチフリもないし良い感じです。
換装後のベンチマークは下の通り、ずいぶんと速くなりました。







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