Visual CSL Editorが使用できるようになりました

Mendeleyがversion 1.7にアップグレードされ大きな変更としては(以前と比べると)簡単に引用文献スタイルが変更できるようになったようです。

http://csl.mendeley.com/about/

からアクセスできます。

MendeleyでJournal名を省略形にしたcitation styleを作成する方法

Mendeleyで論文を作成する場合に投稿するJournalのCitation Styleがないことがあります。新しくCitation Styleを作るのはそれほど難しくはないのですが、Journalの証略形を使用するよう求められることがあります。

まさしく今回投稿したJournalから下記のような連絡が…


We would like to add the comments from Editors as follows:

In References, journal titles should be abbreviated according to “ Index Medicus”.
For example, American heart journal in Reference 5 should be abbreviated Am Heart J.

Please check whether journal title are correctly abbreviated when you submit the revised manuscript.

これは調べてみますとMendeleyの有名な弱点のようです。googleでsearchするともっともよい解説は

http://support.mendeley.com/customer/portal/questions/179297-how-to-enable-journal-abbreviations-

にありました。

1. Mendeleyのuser data folderにjournalAbbreviationsというフォルダを作成する。
2. default.txtを作成する。
3. ジャーナルの正式な名前をいれてタブで区切り証略形を入力する。
4. cslファイルのcontainer titleがshortになるようにする。

というステップを踏めばMendeleyを用いてjournalの証略形を使用することができます。

問題はdefault.txtの作成ということになるのですが　http://pastebin.com/raw.php?i=tVrUas82　などからダウンロードすることもできます。ファイルで注意するのはcase-sensitive、大文字、小文字を正確に入力する必要があるということです。

Journalの証略形についてはIndex Medicusで調べるともできます。

追記：
http://support.mendeley.com/customer/portal/questions/179297-how-to-enable-journal-abbreviations-?new=179297
にあるmauricio arenasの書込みからhttps://skydrive.live.com/?cid=46047e8752dc6af3&sc=documents&uc=1&id=46047E8752DC6AF3!105#で一括してjournalの省略形のリストをダウンロードすることもできます。



下記はHeart and VesselsのCitationファイルになります。テキストファイルにcopy & pasteで作成、ファイル名を付けて保存して使用してください。これに上にあげたdefault.txtを使用するとMendeleyで省略形のJournal titleを使用できるようになります。

追記2：
引用文献がアルファベット順に並ぶため

    <sort>
      <key macro="author-short"/>
      <key macro="year"/>
    </sort>

を一部修正、削除しております。

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<style xmlns="http://purl.org/net/xbiblio/csl" class="in-text" default-locale="en-US" version="1.0" demote-non-dropping-particle="sort-only">
  <!-- This style was edited with the Visual CSL Editor (http://steveridout.com/csl/visualEditor/) -->
  <info>
    <title>Heart and Vessels</title>
    <author>
      <name>Naritatsu Saito</name>
    </author>
    <category citation-format="numeric"/>
    <category field="medicine"/>
    <issn>0001-6268</issn>
    <eissn>0942-0940</eissn>
    <summary>Springer Vancouver style - alphabetical</summary>
    <updated>2012-09-28T02:06:38+00:00</updated>
    <rights license="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 License</rights>
  </info>
  <locale xml:lang="en">
    <terms>
      <term name="et-al">et al</term>
    </terms>
  </locale>
  <macro name="author-short">
    <names variable="author">
      <name form="short" and="text"/>
      <substitute>
        <names variable="editor"/>
        <names variable="translator"/>
      </substitute>
    </names>
  </macro>
  <macro name="author">
    <names variable="author">
      <name sort-separator=" " initialize-with="" name-as-sort-order="all" delimiter=", " delimiter-precedes-last="always"/>
      <label form="short" strip-periods="true" prefix=" (" suffix=")"/>
      <substitute>
        <names variable="editor"/>
        <names variable="translator"/>
      </substitute>
    </names>
  </macro>
  <macro name="editor">
    <text term="in" text-case="capitalize-first" suffix=": "/>
    <names variable="editor">
      <name sort-separator=" " initialize-with="" name-as-sort-order="all" delimiter=", " delimiter-precedes-last="always"/>
      <label form="short" strip-periods="true" prefix=" (" suffix=")"/>
    </names>
  </macro>
  <macro name="edition">
    <choose>
      <if is-numeric="edition">
        <group delimiter=" ">
          <number variable="edition" form="ordinal"/>
          <text term="edition" form="short" strip-periods="true"/>
        </group>
      </if>
      <else>
        <text variable="edition"/>
      </else>
    </choose>
  </macro>
  <macro name="year">
    <date variable="issued">
      <date-part name="year"/>
    </date>
  </macro>
  <macro name="title">
    <choose>
      <if type="book">
        <group delimiter=", " suffix=". ">
          <text variable="title"/>
          <text macro="edition"/>
        </group>
      </if>
      <else>
        <text variable="title" suffix=". "/>
      </else>
    </choose>
  </macro>
  <macro name="year-parenth">
    <date prefix="(" suffix=")" variable="issued">
      <date-part name="year"/>
    </date>
  </macro>
  <citation collapse="citation-number">
    <layout prefix="[" suffix="]" delimiter=", ">
      <text variable="citation-number"/>
    </layout>
  </citation>
  <bibliography et-al-min="11" et-al-use-first="3" second-field-align="flush">
    <layout>
      <text variable="citation-number" suffix=". "/>
      <group delimiter=" ">
        <text macro="author"/>
        <text macro="year-parenth"/>
        <text macro="title"/>
      </group>
      <choose>
        <if variable="page">
          <choose>
            <if type="chapter paper-conference" match="any">
              <text macro="editor"/>
              <group prefix=" " delimiter=", " suffix=". ">
                <text variable="container-title" form="short"/>
                <text macro="edition"/>
              </group>
              <text variable="publisher" suffix=", "/>
              <text variable="publisher-place" suffix=", "/>
              <group delimiter=" ">
                <label variable="page" form="short" strip-periods="true"/>
                <text variable="page"/>
              </group>
            </if>
            <else>
              <group>
                <text variable="container-title" suffix=" " form="short" strip-periods="true"/>
                <group suffix=":">
                  <text variable="volume"/>
                </group>
                <text variable="page"/>
              </group>
            </else>
          </choose>
        </if>
        <else-if variable="DOI">
          <group delimiter=". ">
            <text variable="container-title" form="short" strip-periods="true"/>
            <text prefix="doi: " variable="DOI"/>
          </group>
        </else-if>
        <else-if type="bill book graphic legal_case legislation motion_picture report song" match="any">
          <group delimiter=", ">
            <text variable="publisher"/>
            <text variable="publisher-place"/>
          </group>
        </else-if>
        <else-if type="webpage">
          <group delimiter="">
            <text prefix="In: " variable="container-title" suffix=". " form="short"/>
            <text variable="URL" suffix=". "/>
            <date variable="accessed">
              <date-part prefix="Accessed " name="day" suffix=" "/>
              <date-part name="month" form="short" suffix=" " strip-periods="true"/>
              <date-part name="year"/>
            </date>
          </group>
        </else-if>
        <else-if type="thesis">
          <group delimiter=", ">
            <text variable="genre"/>
            <text variable="publisher"/>
          </group>
        </else-if>
        <else>
          <group delimiter="">
            <text variable="container-title" form="short" suffix=" "/>
            <text variable="volume" suffix=":"/>
            <text variable="page" suffix="."/>
          </group>
        </else>
      </choose>
    </layout>
  </bibliography>
</style>

第152回ku-librarians勉強会：Mendeleyワークショップ

8月3日のMendeley Workshopで発表します。

Mendeley Adviserになって初めての活動です。

頑張ろう->俺

PDF exportがうまくいかないときの対処方法-特に日本語文献

Mendeleyに取り込んだPDFファイルを再度PDFに戻したいときがあるかと思います。File→Export PDF with annotationというコマンドがあるのですが、これがうまくいかないときがあります。例えばファイルそのものがExportされない、ExportされたPDFファイルが文字化けしてします、etc。

この辺りはsupportでもよく問合せがあるようです。
http://support.mendeley.com/customer/portal/articles/search?q=PDF+export

サポートの返事としては
"We are aware of this issue, and believe that it occurs in some if not all papers when the paper title that you are trying to save contains a non-Latin character or an accented character. Could you please try to save it with an example name like test when you get to this point, and see if you are able to export the PDF with annotations? Thanks in advance."


なんですがこれですと日本語文献はほとんど無理、ということになります。


注釈なしでとりあえずPDFのみexportしたいという場合は実は簡単です。Mendeleyの右下のほうにある（上図赤枠で囲った部分)で右クリックしてopen file externallyでファイルを開くとadobe readerなどで開くのでそれを名前を付けて保存、でもともともPDFを抽出することができます。


最近まで気がつかなかったのですがMendeleyはPDFを全てそのまま保存しているのですね。 同様に右クリックでopen containing folderでどこにPDFがあるかもわかります。


Mendeleyのサポートを見ると質問、問合せに対しては24時間以内にMendeleyのサポートから返事がついていることがわかります。Freeの会員が多いと思うのですが、そのような人件費はどうなっているのか気になります。ResearcherのSNSを目指す、というのがMendeleyのコンセプトかと思いますがFacebookのような広告モデルでもないですし。
http://support.mendeley.com/

Mendeley Desktop 1.0がリリースされました。

What is Mendeley? from Mendeley on Vimeo.


Mendeley Desktop 1.0がリリースされました。これでβ版は終了、正式版1.0です。改良点は
1. 同じ文献が二重で入っていないかのチェック
2. サブフォルダの作成が可能
3. Wordプラグインの改良
の3点のようです。

特にサブフォルダが作れるようになり論文整理がより効率的になるように思います。またWordプラグインもOFFICE 2010に正式対応となります。Insert Citationボタンの場所も変わりました。

Mendeley Blogによればユーザー数は100万人、アップロードされている文献は1億を超えるようです。次回のアップデートでは新しく引用文献スタイルを簡単に作成できるようになりそうです。



私事ですがMendeley Advisorとなりました。Mendeleyの普及に努めるようにします。

Mendeleyで新しいcitation styleを作成する方法

MendelyではWordのアドインがあり引用文献リストを作成することができます。この引用文献のフォーマットがcslであり、xmlをもとに作成されています。cslを使用する文献管理ソフトは今のところZoteroとMendeleyのみのようであり、Mendeleyの引用文献リストもZotero Style Repositoryから取得することができます。

1552もの引用文献スタイルがあるので大概のものはあると思うのですがない場合もあります。例えば"Catheterization and Cardiovascular Interventions"という私の投稿したい雑誌の引用文献スタイルもありません。それで新しく引用文献スタイルを作成してみました。

Mendeleyで新しく引用文献を作成する方法はMendeleyのホームページでも解説されています。
HOWTO: edit citation styles for use in Mendeley

当然1から作成するのではなく既存のスタイルを修正することにより作成する方が早いので
C:\Program Files\Mendeley Desktop\citationStyles-1.0
にあるデフォルトのスタイルをコピーしてcustom styles locationにコピーします。
ただこのcustom styles locationの場所はMendeleyの解説とは違う場所にありました。
Mendeleyホームページでは
C:\Users\\Mendeley Ltd.\Mendeley Desktop\citationStyles-1.0
でしたが実際には
C:\Users\\AppData\Local\Mendeley Ltd\MendeleyDesktop\citationStyles-1.0
にありました。

でこれをMendeleyのホームページを参考に修正します。cslファイルはWindows附属のメモ帳で開いて修正します。
例えばbibliographyの(Andersson et al. 2004)を[Andersson et al. 2004]に修正したい場合は

<layout prefix=”(” suffix=”)” delimiter=”; “>

を

<layout prefix=”[" suffix="]” delimiter=”; “>

と修正すればよいのです。

といってもなかなか自分が修正したい場所はどこなのかを探すのが大変でした。例えばCatheterization and Cardiovascular Interventionsではauthorが何人いてもet alを使用せず全員記載するようにとのことでしたので

<bibliography et-al-min="50" et-al-use-first="49" entry-spacing="0">

として50人以上のauthorがいればet alを使用するといった風にちょこちょことvancouverスタイルをもとに変更しました。

Catheterization and Cardiovascular Interventions用のcslファイルを下に置いておきます。いつか誰かの役に立てば幸いです。以下の部分をコピー、メモ帳にコピーしてC:\Users\\AppData\Local\Mendeley Ltd\MendeleyDesktop\citationStyles-1.0に保存すれば使用できるかと思います。

もっと詳しくCSLを調べたければCitation Style Language 1.0で詳しく調べられます。

しかしながらJournalごとに引用文献スタイルが異なるのは如何なものでしょう。伝統芸能ではあるまいし様式美にこだわってもって思ってます。統一した引用文献スタイルになればよいな、と思います。

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<style xmlns="http://purl.org/net/xbiblio/csl" class="in-text" version="1.0">
  <info>
    <title>Catheterization and Cardiovascular Interventions</title>
    <id>http://www.zotero.org/styles/Catheterization and Cardiovascular Interventions</id>
    <link href="http://www.zotero.org/styles/vancouver" rel="self"/>
    <author>
      <name>Naritatsu Saito</name>
      <email>naritatsu@gmail.com</email>
    </author>
    <category field="medicine"/>
    <category citation-format="numeric"/>
    <updated>2010-05-25T22:00:05+00:00</updated>
    <summary>
    The style is made based on vancouver style</summary>
    <link href="http://www.nlm.nih.gov/bsd/uniform_requirements.html" rel="documentation"/>
  </info>
<macro name="author">
<names variable="author">
<name sort-separator=", " delimiter=", " initialize-with="" delimiter-precedes-last="never" name-as-sort-order="all"/>
</names>
</macro>
<citation collapse="citation-number">
<sort>
<key variable="citation-number"/>
</sort>
<layout prefix="(" suffix=")" delimiter=",">
<text variable="citation-number"/>
</layout>
</citation>
<bibliography et-al-min="50" et-al-use-first="49" entry-spacing="0">
<layout>
<text variable="citation-number" suffix=". "/>
<text macro="author"/>
<text variable="title" prefix=". " suffix=". "/>
<text variable="container-title" form="short" suffix=" "/>
<date variable="issued" suffix="; ">
<date-part name="year"/>
</date>
<text variable="volume" suffix="."/>
<text variable="page" suffix="."/>
</layout>
</bibliography>
</style>

Thinkpadクラッシュとクラウドを用いたデータ復元

昨年5月に購入したThinkpad edge 13がBIOSアップデート中にフリーズ、起動しなくなりました。現在はメールはGmail、写真はGmailと同一アカウントでPicasa Webアルバムで、論文などのPDFファイルはMendeley、その他ファイルはDropboxで同期を取るようにしていますのでPCがクラッシュしてもそれほど困りません。

とはいえラップトップもないと困ります。サポートに電話したところ保証期間内でもBIOSアップデート失敗は有償になる可能性が高いとのこと…修理はいつまでかかるかわからないとのことですので中古のネットブックを購入しました。妻の使用しているLet's note T2もWindows 2000なのでそろそろ買い替えが必要と勝手に思っていたので修理が終われば妻が使用するという前提での購入です。そうしますと使用目的は主にネット、携帯するので軽いほうが良い、Wimaxもあったほうが良い、ということで近所で中古のLavie light BL530を購入しました。

で、しばらくは私が使うのでネット経由でデータをリカバリーしました。Gmail、Picasa Webアルバムは当然ローカルにデータを保存していませんので問題なし。Dropboxもインストールした瞬間からリカバリーが始まりましたが、速度がどうにも遅い。見てみると20kbpsでしか通信していません。ところがどんどん速度が増していき500kbps前後で安定、朝起きてみるとリカバリーは終了していました(開始は23時ころ)。私はDropbox PRO50に契約しているので20G前後使用していたのですが何とか7-8時間でファイルは全て復元されていました。

Mendeleyも当初はエラーが出て同期が中断されていたのですが0時を過ぎたあたりで安定してダウンロードされるようになり30分程度でMendeleyもリカバリーされました。ちなみにMendeleyは400Mb程度使用しています。

昔と比べればPCがクラッシュしてもそれほど困らなくなりました。メール、ファイル、フォルダは完全にクラウドにバックアップされていますので安心です。後はインストールしているアプリケーションもネット経由で再インストールしてもらえればより便利でしょう。あるいは全てのアプリケーションがGoogle DocsのようにWebアプリケーションのようになっていくほうが正しいのでしょうか。

MendeleyでGroupを作成しPDFを共有する方法

MendeleyでGroupを作成するとDroup内のメンバーで論文を共有することができます。ただしGroupの設定に気を付けないとabstractなどのメタデータのみの共有になります。

Groupのプライバシー設定をPrivateに設定するとPDFの共有がGroup内のメンバーでできますがPublicにするとInvite Onlyの設定でもPDFの共有はできません。そして私の試した限りでは一度Publicに設定するとPrivateには変更できないようです。

書込みや注釈を含めたPDFでの論文が共有できる、というのが利点ですので通常はPrivateの設定にすることが多そうです。

iPadでどれくらいの論文が携帯できるか?

iPad-Mendeleyでどれくらいの論文が持ち運べるでしょうか?　現在Mendeleyには350本の論文が入っており約350Mb使用しております。

A4 1枚の紙で大体5g、論文が1本について8pだとすると350×8×5=14000g、14kgの論文を運んでいる計算になります。仮に$4.99/月でMendeley有料プランに契約し7Gまで論文をいれるとすると280kg分の論文をiPad一台で運べる計算になります。

こちらも同様の記事。

Mendeley Lite Updated

文献管理ソフトMendeleyのiPhone、iPad版がバージョン1.2にアップデートされました。最大の変更点は全てのPDFファイルが一括してダウンロードできるようになったことです。これで3G環境で無くてもいつでもどこでもMendeleyの文献に全てアクセスできるようになりました。
設定画面で

Auto-sync on loadをチェックしておくと自動で同期してくれますし、Include files in syncでPDFファイル本体を自動でダウンロード、同期しておいてくれます。

これで自分の論文リストのみならず論文PDFファイルを持ち歩くことができるようになりました。

MendeleyのWORD Pluginは32bit版のOffice2010では正常に作動する

論文作成時の引用文献の管理は煩雑なものであり、専用のソフトがあればずいぶんと楽になります。Mendeleyも当然その機能は持っており、MS Wordのプラグインとしてインストール可能です。しかしながら下のようなアラートが出るためWord 2003、2007にしか対応していないのかと考えていました。ところがWord 2010でも正常に動作するようです。

ところがWord 2010のアドインをクリックしてみるときちんとMendeleyのアドインが表示されています。

 そこでInsert Citationをクリックしてみると

Mendeleyが立ち上がります。そこで引用する文献を選択しSend Citation to Wordというボタンをクリック、

すると（1）という引用した文献の番号が表示されます （（1）というのは最初に引用した文献という意味です。ここではCirculation Styleにしています）。そしてInsert Biblographyをクリックすると

 引用した文献が表示されます。まだ長時間試した訳ではありませんが普通に機能しているようです。Mendeley Feedback Forumを見ると64bit版のOffice 2010には対応していないようです。

"Import to Mendeley"でのPDFファイル自動取込みの認識率が悪い件

例えばPubmedでキーワードをいれて検索します。Pubmedは右上にFree Full Textというリンクがありこれをクリックすると全文が参照可能なものに絞りこみ検索がされます。

ここでヒットしている文献は全て全文参照可能なもののはずです。ここでブックマークバーのImport to Mendeleyをクリックするとポップアップが立ち上がるのですが・・・

PDFを認識しているのは大体2-3割のことが多いです。従って取り込みたい論文のあるページまでいってダウンロードするなりしてMendeley Desktopに取り込まないとPDFファイルは取り込めません。

Import to Mendeleyについてはここに詳細があります。なんとか改良していって欲しいものです。

ZoteroからMendeleyに移行した訳

このBlogはもともとZoteroについて解説しようかと考え始めたのですがその後Meneleyを使用するようになり現在は完全にMendeleyに移行しました。

MendeleyがZoteroと比べて優れている点としては
1. 論文に注釈、ハイライトなどの書き込みができる。
2. iPhone、iPadに対応している。
3. SNS的な広がりがある。
が挙げられます。特に1、2はかなり重要です。Zoteroですと簡単なメモは取れますが論文に書き込むことはできません、またZoteroはFirefoxのadd-onである以上iPhone、iPadへの対応は期待できそうにありません。

逆にZoteroがMendeleyと比べ優れているのは
1. Htmlファイルが取込みやすい。
2. Dropboxとの連携が可能　(Dropboxに保存フォルダを指定すれば無料で2Gまで使用できます）。
3. ブラウザからPDFが直接取り込める。
が挙げられます。しかしながら私の場合ではMendeleyの利点1、2が欠点に勝ると考えMendeleyに移行しました。

もちろんいずれもWordへの対応、クラウド的なデータバックアップに対応しています。またいずれも普通に使用する分には無料でかなりの容量が使えます。Endonoteも良いのですが費用を考えるとよほどのヘビーユーザーで無い限りはMendeley、あるいはZoteroで良いのではないでしょうか。

Mendeley on iPad

Mendeleyがいつの間にかiPad対応になっていました。iPhone版のリリースから初回アップデートでiPadに対応、仕事が早いです。

これで文献管理ソフトはほぼMendeleyで決まりそうです。実際Zoteroを使うことはほとんど無くなっています。

残る不満は
1. Reference mangerがOffice 2010に未対応
2. Webから直接PDFが取り込めない （Import to Mendelyの不具合）
3. iPadでは閲覧のみ
4. PDFは自動ではダウンロードされない
です。
 特にWIFIのみで使用している私としては4のPDFが出先でダウンロードできないのは改善してほしいです。一括してダウンロードみたいな設定を希望。

Mendely on iPhone

MendeleyのiPhone版が登場、正式にはMendeley-Reference Manager (Lite)であり無料です。オフラインでリストの参照ができ、オンラインでダウンロードしておくとオフラインでも閲覧可。

残念なのはiPad対応ではないこと、iPadで拡大するとやはり滲んでいます。もう１つの欠点は文献が参照のみで書き込みなどできないことがあります。

それらを加味しても十分な出来です。Mendelinistにはぜひお薦めです。

Mendeleyも有料化

 

http://www.mendeley.com/upgrade/

いつの間にかMendeleyも有料化しています。費用はZoteroと同じくらい。ただし月払いなのでいつでも解約できるとのことです。4.99$/Mで7G、まあお手頃でしょうか。


論文に特化しているので500Mbでも結構使いがいがあるのでしばらくは大丈夫です。

ZoteroからMendeleyに乗換え中なのですが気軽に何でも取り込めるのはZotero、あとでじっくり読みやすいのはMendeleyです。どちらかでもiPadに対応して欲しいのですがZoteroはFifefoxの拡張機能であることを考えるとMendeleyのほうが先に対応しそうな気がします。

MendeleyのPDF 同期がDefaultの設定では有効になっていない件

Mendeleyを最近使用し始めたのですがPDFは同期されておらずアブストラクトや文献情報のみが同期されている状態でした。マニュアルを読むとDefaultではPDFファイルは同期されない設定になっているようです。マニュアル通りすることでうまくいくようになりました。ここで挫折する人もいるかもしれませんね。

下記はマニュアルから
1. Make sure that “AllDocuments” in the “My Library” pane is selected
2. Select “Edit Settings”
3. Adjust the settings to your needs.
4. Synchronize your library
5. Login to your Mendeley Web account and see the result in your library Note: Currently you may upload up to 500 MB of PDF files to your Mendeley Web library.

文献管理ソフト

はてブで見つけましたがここで文献管理ソフトがいろいろと紹介されています。

Evernoteは評判良いですが使ったことがありません。

Mendeley、使ってみました。 良い感じです。

Papersは残念ながらWindowsでは使えません。でも良さそう。

ちなみにZoteroは"Zotero：無料。Firefoxのアドイン。 ちょっとアバウトな感じ" だそうです。

ZoteroのMendeleyに対する優位性はhtml形式での取込みがpdfと同等に行えることではないでしょうか。Mendeleyはpdfに特化しているようです。
MendeleyでもHTML形式での取込みもできるようです。
Social Networkingというか文献を通じてCommunityを作るというのはMendeleyの新しい試みのようです。これは将来的に伸びていくかもしれません。

Zotero→Mendelyという同期はできるのでしばらくは併用することもできそうです。