ZoteroからMendeleyに移行した訳

このBlogはもともとZoteroについて解説しようかと考え始めたのですがその後Meneleyを使用するようになり現在は完全にMendeleyに移行しました。

MendeleyがZoteroと比べて優れている点としては
1. 論文に注釈、ハイライトなどの書き込みができる。
2. iPhone、iPadに対応している。
3. SNS的な広がりがある。
が挙げられます。特に1、2はかなり重要です。Zoteroですと簡単なメモは取れますが論文に書き込むことはできません、またZoteroはFirefoxのadd-onである以上iPhone、iPadへの対応は期待できそうにありません。

逆にZoteroがMendeleyと比べ優れているのは
1. Htmlファイルが取込みやすい。
2. Dropboxとの連携が可能　(Dropboxに保存フォルダを指定すれば無料で2Gまで使用できます）。
3. ブラウザからPDFが直接取り込める。
が挙げられます。しかしながら私の場合ではMendeleyの利点1、2が欠点に勝ると考えMendeleyに移行しました。

もちろんいずれもWordへの対応、クラウド的なデータバックアップに対応しています。またいずれも普通に使用する分には無料でかなりの容量が使えます。Endonoteも良いのですが費用を考えるとよほどのヘビーユーザーで無い限りはMendeley、あるいはZoteroで良いのではないでしょうか。

Mendeleyも有料化

 

http://www.mendeley.com/upgrade/

いつの間にかMendeleyも有料化しています。費用はZoteroと同じくらい。ただし月払いなのでいつでも解約できるとのことです。4.99$/Mで7G、まあお手頃でしょうか。


論文に特化しているので500Mbでも結構使いがいがあるのでしばらくは大丈夫です。

ZoteroからMendeleyに乗換え中なのですが気軽に何でも取り込めるのはZotero、あとでじっくり読みやすいのはMendeleyです。どちらかでもiPadに対応して欲しいのですがZoteroはFifefoxの拡張機能であることを考えるとMendeleyのほうが先に対応しそうな気がします。

文献管理ソフト

はてブで見つけましたがここで文献管理ソフトがいろいろと紹介されています。

Evernoteは評判良いですが使ったことがありません。

Mendeley、使ってみました。 良い感じです。

Papersは残念ながらWindowsでは使えません。でも良さそう。

ちなみにZoteroは"Zotero：無料。Firefoxのアドイン。 ちょっとアバウトな感じ" だそうです。

ZoteroのMendeleyに対する優位性はhtml形式での取込みがpdfと同等に行えることではないでしょうか。Mendeleyはpdfに特化しているようです。
MendeleyでもHTML形式での取込みもできるようです。
Social Networkingというか文献を通じてCommunityを作るというのはMendeleyの新しい試みのようです。これは将来的に伸びていくかもしれません。

Zotero→Mendelyという同期はできるのでしばらくは併用することもできそうです。

Zoteroのフォルダ構成

Zoteroのフォルダ構成はUsername>Document>Dropbox>Zotero>strageで見ることが当然できるが中のファイルネームなどは意味不明。Zoteroのバージョンアップでクラッシュしたら復元はDropboxだよりになりそう。

下記のエントリーにもあるようにZoteroのみに依存するのは危険かもしれない。
http://blog.livedoor.jp/gha10771/archives/749047.html

Goolge Scholarからのmetadata取得では上手くいかない事がある

PDFからのmetadata取得の件です。

Google Scholarからのmetadata取得ではうまくいかないこと結構あります。Zotero ForumでみるとZoteroではどうやらGoogle Scholarで論文のDOIを再検索しているのですがこれが特定のJournalではうまくいきません。私の場合ですと"Catheterization and Cardiovascular Interventions"の論文のmetadata取得は必ず失敗します。DOIをGoogle Scholarで検索するとヒットするといことはおそらくPDFからDOIがうまく取り出せないのでしょう。Journl Titleで再検索するなどの方法があれば良いのでしょうが次のバージョンアップに期待ですね。

retrieve pdf metadata-過去に集めた文献の整理

以前にオートインデックスはできないと書きましたが、ある程度近いことはできるようです。

ポイントは
・複数のPDFファイルがドラッグ&ドロップでライブラリーに取り込める
・取り込んだ複数のPDFファイルを一気に取得出来る

これは便利ですね。metadataはgoogle scholarから再検索して取得しているようでこのあたりはzotaroっぽい感じです。たまに見つからないことがあるのでpubmedからも取得できるようになればさらに良いです。

storageは購入できる

どうやら12月からstorageが購入できるようになったらしい。1GBで20ドル、5GBで60ドルとDropboxに比べるとやや高い。

詳細は以下から。
http://www.zotero.org/support/storage_faq#how_much_does_zotero_file_storage_cost

私はDropbox経由で共有しており今のところ不便がないためしばらくは様子伺いの方針です。

Zoteroの欠点-オートインデックスができないこと

Zoteroを使って約2ヶ月、簡単な論文もzoteroを使用して投稿してみました。便利であり手放せないツールになっていますがもう少し改善してほしい点もあります。それは過去の文献のオートインデックスです。

以前の文献はPDFでそれぞれのフォルダに保管されていますが、zoteroで自動でそれらを取り込んでリストにする機能があれば助かります。ちょうとPicasaのようなイメージです。

こちらをみると頑張ればできるようなのですがまだ成功していません。バージョンアップに期待したいところです。

Zotero+Dropbox

Zotero 2.0以降では同期機能がついています。職場のPCやノートPCを使用するときもありますので常に同じ環境で使いたい場合に便利です。

100MBまでしかZoteroではファイル共有できないのでZoteroの保管場所をDropboxで共有すれば論文限定であればほとんど問題なく使用できるかと思います。

ZoteroのファイルディレクトリをDropbox内にしておき、添付ファイル共有設定をzoteroを使用しないようにしておけばOKです。

他にも同じ方法を使用している人もいるようです。

文献管理ソフト-Zoteroの導入

Endnoteが日本では定番ですが私のEndnoteはver 7、新しいのを購入するのもなんだしフリーで良いものがないか探していると以下のページを発見。

http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software

条件は

1. freeであること

2. Wordのアドオンになること (word processor integration)

3. pdfファイルの管理ができること

Macではpapersなんかが良いようです。Windowsではzoteroが良さそうで導入してみましたがなかなかよく出来ています。これFirefoxのadd-onなんですがChromeでないのが少し残念です。

http://www.zotero.org/

最初はVer. 1.0を導入したのですがstyle repositroy (参考文献のスタイル)の制限が多いので2.0βがお薦めです。

使ってみてEndnoteより良い点は

1. 文献の取り込みが簡単

2. 同期機能があり複数のPCで自動で同期させることができる

3. Pdfからのメタファイルの抽出が可能

4. free

悪い点は

1. Output styleのカスタマイズにHTMLやXMLの知識が必要

くらいでしょうか。

細かい設定はまた改めてご紹介します。